Gli interni di villa Emo si distribuiscono con semplicità attorno al salone centrale, tre stanze a destra e tre a sinistra. Il lato di sinistra presenta a nord la stanza di Ercole,
nel mezzo il camerino delle grottesche e a sud la stanza delle Arti. A destra del salone, invece, si trova a nord la stanza di Venere, nel mezzo il camerino delle grottesche e a sud la stanza di Giove e Io.
I temi decorativi delle stanze ripercorrono le Metamorfosi di Ovidio ed esaltano l’amore spirituale e l’esercizio delle virtù in contrasto con l’amore terreno e la passione.
Nella stanza di Ercole sono dipinte tre grandi scene che narrano le ultime vicende della vita di Ercole. Un affresco mostra Ercole abbracciato a Deianira con Nesso morto ai piedi, mentre l’altro raffigura Ercole
che scaglia in mare Lica.
Sopra il camino, il dipinto ritrae l’immagine di Ercole sopra un grande rogo, qui simbolo dell’anima umana. La speranza della salvezza di Ercole e di tutti gli uomini è consegnata all’immagine sopra la porta
di Maria Maddalena, la peccatrice per tradizione, alla quale è concesso di vedere Cristo Risorto per prima. Tra le colonne sono dipinte cascate di fiori, foglie e frutti come simbolo dei doni della terra di Fanzolo.
Negli affreschi di questa stanza è evidente il legame tra villa Emo e altre due ville affrescate dallo stesso Zelotti, villa Malcontenta e villa di Brugine, nelle quali l’artista ha utilizzato gli stessi soggetti e uno stile molto simile.
A destra del salone, a nord, si trova la stanza di Venere dagli sfondi rosa e violetto, dove è dipinto l’amore e il dramma di Venere e il bellissimo Adone.
Una scena racconta la partenza di Adone per la caccia, trattenuto da Venere seduttrice, la seconda scena mostra Venere che scopre Adone morente per una ferita causata da un cinghiale e infine, sopra il camino, la terza scena racconta di Venere punta dalla freccia di Amore.
Questo affresco può costituire l’ultimo quanto il primo della storia di Venere e Adone come se la storia fosse un ciclo. Nella parete sopra la porta verso il salone si trova un busto dorato di Venere attorniato da
una ricca corona di fiori e frutti. Sopra l’altra porta, l’immagine sacra di Gerolamo nel deserto mostra l’amore spirituale come via di salvezza per l’amore seduttore di Venere.
Gli spazi tra le colonne sono riempiti da festoni di fiori, foglie e frutti tra i quali compare ancora una volta la pannocchia del granoturco.
